האגף למדיניות סחר חוץ אחראי על קידום ותחזוקה של הסכמים בינ"ל . האגף מחולק לשלוש מחלקות:

המחלקה להסכמים בילטרליים - המנהלת מו"מ על הסכמי סחר חדשים של מדינת ישראל במטרה למנוע אפליה של התעשייה המקומית וכדי להבטיח את מקומנו בשווקים השונים. המחלקה עוסקת בטיפול שוטף של הסכמים אלה, על מנת לשמור את הזכויות שהושגו עבור התעשייה הישראלית.

המחלקה להסכמים מולטילאטרליים - מובילה את הפעילות מול הארגונים המעצבים את המדיניות וכללי הסחר בעולם כיום, כדוגמת ה- WTO. ההתפתחויות בארגונים והשתתפותה הפעילה של ישראל באותם התהליכים, קובעים למעשה את קצב ההתקדמות וההשתתפות של ישראל בתהליכי הגלובליזציה העולמית, שבסופו של דבר מאפשרים לישראל לשפר ולהרחיב את אפשרויות הסחר שלה.

המחלקה למדיניות יבוא ו-OECD- המחלקה עוסקת בגיבוש מדיניות היבוא לישראל ובפישוט הליכי סחר חוץ. בנוסף עוסקת המחלקה בייצוג המדינה בארגון לשיתוף פעולה כלכלי בפריז ה- OECD